私も「バージョン3.5」にアップデートしてから起動しなくなりましたが、 「The Unarchiver」の「情報を見る」で「32ビットモードで開く」にチェックを入れたら正常に起動するようになりました。 起動しなくなってしまった人は、試してみてはいかがでしょう。 ちなみに私のバージョンは OSX 10.7.5 です。
Dr. ATOK about The Unarchiver, v3.5